Mellan 15 och 20 människor dödades vid angreppet som inträffade på onsdagskvällen, enligt en företrädare för regionen Beni.
En kyrka och flera bostäder ska ha bränts ner.
ADF anklagas för att ha dödat över 1 000 civila sedan början av 2019.
Gruppen misstänks också för att ha fritagit omkring 1 300 fångar från ett fängelse i Beni tidigare i oktober.