Beslutet kommer från en appellationsdomstol på fredagen, rapporterar CNN.
Två domare var emot finansieringen, medan en godkände den. Domen fastslogs av appellationsdomstolen 9th US Circuit Court of Appeals.
Trump har förklarat nationellt krisläge som en del att frigöra pengar för muren som är tänkt att hindra illegala migranter att ta sig från Mexiko till USA. Men majoriteten i domstolen förkastade beslutet att föra över 2,5 miljarder dollar, 23 miljarder kronor, till projektet utan kongressens godkännande.
Domen kom dagar efter det att president Trump besökt en del av barriären i delstaten Arizona.
Domen i den federala domstolen, med säte i San Francisco i delstaten Kalifornien, går emot en dom i Högsta domstolen i fjol som tillåter att presidenten nyttjar tillgångar från Pentagon till murbygget så länge de juridiska processerna pågår. Det är därför osäkert vad fredagens utslag får för konsekvenser.