Men Ryssland markerar tydligt att landet inte tänker följa ECHR:s uppmaning.
Den ryske justitieministern Konstantin Tjujtjenko kallar domstolens beslut för ett exempellöst ingripande i de ryska domstolarnas arbete. Han säger vidare att kravet inte går att följa eftersom det inte har någon grund i rysk lagstiftning, rapporterar ryska nyhetsbyråer.
Navalnyj har dömts till flera års fängelse för brott mot reglerna för en tidigare villkorlig dom. Han är även inblandad i flera andra rättsfall, bland annat ett åtal för förtal av en 95-årig krigsveteran.
Enligt Navalnyj själv har det inte vidtagits tillräckliga åtgärder för att skydda hans liv och hälsa.
Ryssland har sagt till domstolen att säkerheten för honom är tillräcklig, bland annat är hans cell videoövervakad.
Navalnyj blev akut sjuk i augusti i fjol under en resa från Tomsk i Sibirien. Han vårdades på sjukhus i Tyskland, där det konstaterades att han förgiftats med nervgiftet novitjok.
När Navalnyj återvände till Ryssland i januari greps han direkt. Gripandet och rättsprocesserna mot honom har lett till stora protester och fördömanden i landet och internationellt.