Utgången i rättsfallet, där en tjeckisk familj överklagat att deras barn tvingats ta vaccin, kan nu bli prejudicerande.
"Åtgärderna kan betraktas som nödvändiga i ett demokratiskt samhälle", skriver domstolen i sitt avgörande.
Domstolen konstaterar också att tjeckiska myndigheter konsekvent agerat med barnens bästa i åtanke.
Detta är första gången som Europadomstolen uttalat sig om obligatoriska vaccinationer mot barnsjukdomar. Fallet tros även kunna bli vägledande om ett europeiskt land i framtiden skulle vilja göra vaccinering mot covid-19 obligatoriskt för sin befolkning.