Miguel Ángel Moratinos uppmanar till "ömsesidig respekt" mellan människor med olika trosuppfattningar och politiska åsikter.
Uttalandet kommer som en reaktion på en växande ilska i flera muslimska länder över uttalanden från Frankrike sedan en fransk lärare som hade visat karikatyrerna under sin undervisning om yttrandefrihet mördats. Frankrikes president Emmanuel Macron har försvarat publiceringen av bilderna, vilket har tänt ilskan i fler muslimska länder och lett till både protester och bojkott av franska varor.
I ett uttalande heter det att Moratinos "med djup oro följer de växande spänningarna". "De uppviglande karikatyrerna har också framkallat våldshandlingar mot oskyldiga civila som attackeras på grund av religion, tro eller etnicitet", säger han i uttalandet.