Den avlidne, en 28-årig man från kommunen General Trias, togs av polisen när han gått för att köpa vatten efter att det nattliga utegångsförbudet trätt i kraft.
Han straffades av polispatrullen med att tvingas göra över hundra knäböj. 28-åringen led enligt hustrun av ett hjärtfel som gjorde att han senare avled.
Polisen kommer nu utreda om tjänstefel har begåtts i samband med mannens död. Två av de poliser som närvarade vid straffet har tagits ur tjänst.
I nuläget råder ett totalt utegångsförbud mellan klockan sex på eftermiddagen och fem på morgonen i huvudstadsregionen Metro Manila och dess fyra intilliggande regioner.
Sedan förbudet infördes förra veckan har polisen bötfällt över 10 000 människor, och ytterligare ett tusental har dömts till samhällstjänst. Människorättsorganisationer har tidigare riktat kritik mot Filippinerna för landets hårda straff för dem som bryter mot pandemirestriktioner.
Under fjolårets månadslånga nedstängning vittnade Human Rights Watch om att de som brutit mot förbudet bland annat straffats genom att hållas i trånga hundburar samt tvingas sitta långa stunder i gassande sol.