Det bekräftar FN-åklagaren Serge Brammerz efter dna-analys av kvarlevor funna i Kongo-Brazzaville.
Bizimana var försvarsminister i samband med folkmordet 1994, och åtalades några år senare i sin frånvaro för just folkmord med mera.
Nu visar det sig att han avled i Kongo år 2000. Kvarlevor från en grav i hamnstaden Pointe-Noire har visat sig vara Bizimana.
Avslöjandet kommer bara några dagar efter gripandet av en annan huvudmisstänkt. Félicien Kabuga hittades i Paris efter över två decennier på flykt.