Soldaterna var en del av antiterrorstyrkan Barkhane som är i regionen för att bekämpa jihadistiska grupper.
President Emmanuel Macron säger i ett uttalande att händelsen understryker "Frankrikes beslutsamhet att fortsätta bekämpa terrorism".
Sverige har cirka 150 FN-soldater i Gao, nordost om Hombori. Försvarsmakten uppger för TT att inga rapporter finns om att svenskar var inblandade i måndagens händelse.
Nu har 47 franska soldater dött i Mali sedan Frankrikes militära inblandning i landet inleddes 2013.
I Bakhane ingår i dag cirka 5 100 militärer. Styrkan är operativ i Burkina Faso, Mali, Mauretanien, Niger och Tchad.
Regionen plågas även av etniskt motiverat våld samt av kriminella gruppers härjningar.