Ärendet som Högsta domstolen tog upp rör specifikt migrantprogrammet Daca, som berör närmare 800 000 unga papperslösa, ofta kallade "drömmare" (dreamers), skriver NBC News. Fallet har stor betydelse både praktiskt och principiellt.
Domstolen konstaterar att regeringen inte tillräckligt förklarat anledningen till att avsluta det federala programmet. Trumpregeringen kan återkomma med ytterligare information, men bedömare tror inte att det är aktuellt så nära inpå ett presidentval.
President Trump valde en sedvanligt hård retorik, för ovanlighetens skull riktad mot den domstol som är en grundbult i den amerikanska konstitutionen.
Skottsalvor i ansiktet
"Dessa hemska och politiskt laddade beslut som kommer från Högsta domstolen är gevärssalvor i ansiktet på dem som stolt kallar sig republikaner och konservativa", skrev Trump på Twitter.
"Vi behöver mer rättvisa, annars förlorar vi andra tillägget (till konstitutionen, om rätten att äga vapen) och allt annat. Rösta på Trump 2020!" fortsatte presidenten.
Frågan om migranters status i USA har varit en av Trumps viktigaste inrikespolitiska frågor, både under presidentvalkampanjen och under hans tid i ämbetet. Trump har under sin presidentperiod dessutom nominerat två domare till HD, vilket innebär att en majoritet är utsedda av republikaner.
Avgörande röst
Domen är ett av de största inrikespolitiska bakslagen för Trump. Fem domare röstade mot Trumps förslag, medan fyra röstade för. Anmärkningsvärt är att chefdomare John Roberts, nominerad av den republikanske presidenten George W Bush, fällde den avgörande rösten.
Programmet Daca (Deferred action for childhood arrivals) infördes av den dåvarande demokratiske presidenten Barack Obama 2012 genom en presidentorder. Den rör unga personer som kommit till USA på olaglig väg som barn.
Programmet skyddar dem från utvisning och ger dem en möjlighet att arbeta och vistas lagligt i landet två år i taget, under förutsättning att de sköter sig och inte ägnar sig åt kriminalitet. Detta delvis med motiveringen att barn inte kan hållas ansvariga för sina föräldrars handlingar, att "drömmarna" inte kan rå för att de tagits till USA.
Kritiserar Obama
Donald Trump anser, liksom många ledande republikaner, att det var fel att Obama fattade ett så viktigt beslut genom en presidentorder. Under valrörelsen 2016 lovade Trump att slopa Daca till förmån för en "riktig" lagstiftning.
Presidenten fattade ett sådant beslut hösten 2017 men sade att det skulle träda i kraft först efter sex månader. Detta eftersom han sade sig vara berörd av "drömmarnas" öde och ville ge kongressen tid att ta fram ny lagstiftning.
Trumps försök att riva upp Daca överklagades omedelbart och har stoppats av federala domstolar i både New York och Kalifornien, och har nu alltså underkänts även av Högsta domstolen.