Polisen i huvudstaden Kigali visade i måndags upp Rusesabagina i handbojor, och meddelade att han är misstänkt för samröre med en "beväpnad extremist-terrorstyrka".
Den nu 66-årige Rusesabagina flyttade utomlands efter folkmordet 1994, och har manat till uppror mot mannen som sedan dess styr Rwanda, president Paul Kagame. Släktingar hörde senast av honom i torsdags, då han ska ha befunnit sig i Förenade arabemiraten, och säger nu att myndigheterna måste ha fört hem honom med våld.
– Jag tror att han kidnappades, eftersom han aldrig skulle åka till Rwanda frivilligt, säger dottern Anaise till BBC , och tillägger att anklagelserna mot fadern är falska.
Paul Rusesabagina gestaltades av Don Cheadle i den Oscarnominerade filmen "Hotel Rwanda", som berättar historien om hur hotellchefen räddade 1 268 människor från att dödas av hutumilisen Interahamwe under folkmordet genom att gömma dem på Hotel des Diplomates i Kigali.
Omkring 800 000 tutsier och regimkritiska hutuer mördades under en tremånadersperiod, innan nuvarande president Kagames styrkor störtade den dåvarande regimen.