Åtgärden är en del av de nya stärkta insatserna mot våldtäkter i landet.
Bestämmelsen om kemisk kastrering gäller både återfallsförbrytare och förstagångsförbrytare, meddelar presidentens kansli under onsdagen.
Det kommer att vara upp till enskilda domare att besluta om vilka våldtäktsmän som ska kastreras.
President Arif Alvi godkände under tisdagen ett nytt dekret som ska leda till snabbare behandling av våldtäktsfall och att en lista över sexförbrytare ska inrättas. Åtgärderna kommer bland annat som en följd omfattande protester efter att en kvinna våldtagits vid en motorväg i höstas efter att hon fått motorstopp med sina två barn i bilen.
Presidentens nya dekret har välkomnats av oberoende människorättsgrupper, som dock konstaterar att få våldtäkter som prövas rättsligt leder till fällande dom.
De nya lagarna gäller med omedelbar verkan men måste godkännas i parlamentet inom tre månader.