Narkotikan hittades i hamnen i staden Guayaquil efter att en hund reagerat på en misstänkt last.
"Med hjälp av vår narkotikahund Garo hittades drogerna i en container som skulle transporteras till Estland i Europa", skriver inrikesministern Patricio Pazmino på Twitter.
Polisen i Ecuador beslagtog rekordmycket narkotika förra året, 128 ton, uppger inrikesdepartementet.
Landet gränsar till Colombia och Peru, de två största producenterna av kokain, enligt FN.