Det konstaterar en utredning som granskat internatskolans marker med radarutrustning.
Skolan, nära Kamloops, drygt 30 mil öster om Vancouver i British Columbia, tog emot 150 000 elever under åren 1890 till 1969.
Först senare uppdagades de brott som skett på skolan, med fysiska och sexuella övergrepp, kombinerat med konsekvent förnekande av barnens egna kulturer och språk.
– Detta är en smärtsam påminnelse om våra mörka och skuldfyllda kapitel i vår historia, sade premiärminister Justin Trudeau efter uppgifterna om fynden.
Undersökningen har genomförts av folkgruppen Tk'emlups te Secwepemc. En fullständig rapport om upptäckten publiceras om en månad.
– Många var bara tre år gamla. Förlusterna var ofattbara, men ingen talade om dem eller dokumenterade vad som hänt, säger Rosanne Casimir från gruppen.