Slovakiska medier rapporterar att gärningsmannen gick till angrepp med ett tillhygge och sköts ihjäl av polis när han sprang från skolan, belägen i staden Vrútky, 22 mil nordöst om huvudstaden Bratislava.
Fem personer, däribland barn, ska ha skadats i attacken, uppger en talesperson för räddningstjänsten.
Polisen uppger på sin Facebooksida att situationen är under kontroll.
Landets grundskolor öppnades den 1 juni efter att ha varit stängda med anledning av coronapandemin.