Attacken skedde tidigt på måndagen i Alatona nära gränsen till Mauretanien. Den var riktad mot militanta "terrorister" som planerat ett bakhåll, enligt militären som inte gav detaljer kring händelsen.
Mali har kämpat mot ett uppror av islamistiska grupper som började i norra landsändan 2012. Efter att ha spridit sig till centrala Mali samt till grannländerna Burkina Faso och Niger har konflikten tagit tusentals liv och tvingat hundratusentals på flykt.