Stoppet gäller inte resenärer som mellanlandat i länderna.
"Dessa försiktighetsåtgärder är nödvändiga för att minska risken för en ökning av covid-19-fall som förs in i Nigeria från andra länder", lyder ett uttalande från myndigheterna.
Nigeria, Afrikas mest folkrika land med över 200 miljoner invånare, har rapporterat blott 165 000 bekräftade fall av covid-19 och 2 036 dödsfall.