Men Franciskus gick inte så långt att han å den katolska kyrkans vägnar bad om ursäkt till barnens anhöriga – något som flera, inklusive den kanadensiska regeringen, uppmanat till.
– Jag följer med smärta nyheterna som kommer från Kanada om den chockerande upptäckten av kvarlevorna efter 215 barn, sade påven till åhörare på Petersplatsen i Vatikanstaten i Rom.
Trudeau besviken
Den makabra upptäckten på den tidigare katolska internatskolan Kamloops marker i provinsen British Columbia slutet av maj, har sänt en chockvåg genom hela det kanadensiska samhället.
I fredags uppmanade premiärminister Justin Trudeau den katolska kyrkan att kliva fram och ta ansvar för sin del i barnens tragiska öde.
– Som katolik är jag mycket besviken på den katolska kyrkans inställning nu, och genom åren, sade Trudeau.
Påven manade i samband med söndagens bön den politiska ledningen och företrädare för katolska kyrkan i Kanada att tillsammans verka för att "bringa ljus över denna sorgliga historia" och att starta en process för "helande och försoning".
Den kanadensiske premiärministern slog dock i fredags fast att "sanningen måste fram innan vi kan börja tala om rättvisa, helande och försoning".
Mellan 1831och 1996 drevs internatskolor i Kanada för landets ursprungsbefolkning. Under denna period tvingades omkring 150 000 barn lämna sina hem för att "assimileras" på skolorna – vilket var det uttalade syftet.
Sanning och försoning
Skolorna drevs av den kanadensiska staten eller av kyrkor, oftast katolska.
2015 presenterade Kanada resultatet av en sanningskommission som utrett statens övergrepp på landets ursprungsbefolkning. I rapporten bedöms att runt 4 000 barn dog av vanvård och övergrepp under de år internatskolesystemet var i bruk. Siffran har varken kunnat bekräftas eller dementeras.
Kamloops internatskola drevs av den katolska kyrkan på uppdrag av myndigheterna mellan 1890 och 1969. Den stängdes 1978.