Han anklagas för att ha tagit emot mutor under sin tid som guvernör i regionen Moquegua 2014.
Efter en närmare åtta timmar lång riksrättsrättegång röstade 105 av kongressens 130 ledamöter för att avsätta Vizcarra. Man nådde alltså med råge över de 87 röster som krävdes för att fälla presidenten, till skillnad från ett tidigare försök i september.
Kongressens ledare Manuel Merino tar nu över som övergångspresident till i slutet av juli nästa år, då den nuvarande mandatperioden löper ut.
– Jag lämnar regeringspalatset på samma sätt som jag anlände för två år och åtta månader sedan: med huvudet högt, sade Vizcarra efter omröstningen.
Han har nekat bestämt till anklagelserna om mutor.
Och det folkliga stödet för Vizcarra, som profilerat sig som en antikorruptionspolitiker, har fortsatt vara högt. Åtta av tio svarar att de velat att han skulle sitta kvar mandatperioden ut i en opinionsundersökning från Ipsos.
Efter utslaget i riskrättsprocessen utbröt protester utanför kongressbyggnaden i centrala Lima.
Peru har genomgått en period av politisk instabilitet de senaste åren då fyra tidigare presidenter dragits in i den enorma latinamerikanska korruptionshärvan kring byggjätten Odebrecht.
Vizcarra tillträdde 2018 efter det att den dåvarande presidenten Pedro Pablo Kuczynski kopplats till skandalen.