Det väntade beskedet kom på torsdagen, sedan EU-kommissionen krävt ändringar senast den sista september.
Tillräckliga sådana blev det dock inte i det förslag som godkändes av det brittiska underhuset i tisdags och nu ska behandlas av överhuset.
– Det här förslaget är i sin hela natur ett brott mot åtagandet om att handla med god vilja som finns i utträdesavtalet, säger kommissionsordförande Ursula von der Leyen i ett pressuttalande i Bryssel.
Ett brev har skickats till London som den brittiska regeringen får en månad på sig att svara på, innan kommissionen bestämmer om hur man tänker gå vidare.
Storbritannien anser dock att deras lagförslag är nödvändigt.
– Vi måste skapa ett juridiskt säkerhetsnät för att skydda den brittiska inre marknadens integritet och garantera att regeringen alltid kan leverera när det gäller dess åtaganden gentemot Nordirland, säger en brittisk regeringstalesman enligt nyhetsbyrån AFP.
EU-minister Hans Dahlgren (S) anser att kommissionens agerande är "fullt naturligt", men hoppas att det inte ska skada de känsliga förhandlingar om handel, fiske och andra samarbeten med Storbritannien som just nu pågår.
– De förhandlingarna uppges ju ha förts i hyggligt god atmosfär de senaste veckorna, konstaterar Dahlgren på en svensk pressträff i Bryssel.