"Om en person nästan dör betyder detta inte att det i varje läge är nödvändigt att inleda en brottsutredning", sade Putin vid ett möte med rättsexperter på fredagen.
Navalnyj, som är en av Putins fränaste kritiker, överlevde mordförsöket.
Tyskland, Frankrike och Storbritannien har pekat ut ryska myndigheter för "inblandning" i förgiftningen. Kreml förnekar inblandning och har i stället antytt att Navalnyj förgiftats i Tyskland, där han fick vård efter att ha insjuknat i på ett flygplan i Sibirien i augusti.