Enligt federala åklagare i New York lurade de fyra männen ett stort antal personer som donerade till kampanjen "We build the wall", som samlade in pengar till Trumps omstridda murbygge längs gränsen mellan USA och Mexiko.
– Vi påstår att de åtalade lurade hundratusentals givare och utnyttjade deras önskan om att finansiera en gränsmur för att samla in flera miljoner dollar, under de falska förespeglingarna att alla pengarna skulle gå till byggkostnader, säger åklagaren Audrey Strauss i ett uttalande.
Totalt samlades 25 miljoner dollar, motsvarande knappt 220 miljoner kronor, in i kampanjen. Enligt åtalet slussades i hemlighet "hundratusentals dollar" vidare till Bannon och de övriga tre.
Bannon greps tidigare under torsdagen ombord på en lyxjakt tillhörande den landsflyktige kinesiske miljardären Guo Wengui. I rätten i New York förklarade sig Bannon, iförd munskydd, icke skyldig till brott.
66-årige Bannon blev en röst i offentligheten när han 2012 tog över Breitbart News, en plattform för USA:s främlingsfientliga alt right-rörelse. Han ledde Trumps valkampanj under de sista månaderna innan valet 2016 och blev därefter utsedd till presidentens chefsstrateg. Efter att ha fått sparken i augusti 2017 återgick Bannon till Breitbart News. Året därpå var han en av initiativtagarna till insamlingskampanjen för murbygget.
Trump själv säger att åtalet är "en mycket sorglig sak" men att det var länge sedan han hade något med Bannon att göra.
– Jag vet ingenting om projektet över huvudtaget. Förutom att jag, när jag läste om det, inte gillade det, säger Trump till reportrar i Vita huset.