Orsaken var problem med hjärtat, meddelar vicepresident Samia Suluhu Hassan i ett tv-sänt tal sent på onsdagen, rapporterar Reuters. Presidenten blev 61 år gammal.
Beskedet kommer efter ihärdiga spekulationer om Magufulis hälsotillstånd. Presidenten, som inte synts till på över två veckor, var en stark covid-19-skeptiker och hävdade att coronaviruset försvunnit från Tanzania tack vare böner. Rykten florerade, kanske just därför, att han själv ådragit sig sjukdomen.
– Det är beklagligt att det dröjde så länge med beskedet. Han kan ha varit död länge, men regeringspartiet sorterade ut vem som ska ta över makten, säger Sten Rylander, tidigare ambassadör i Tanzania.
Inskränkte medier
John Magufuli, som suttit vid makten sedan 2015, har drivit Tanzania mot en alltmer auktoritär riktning. Magufuli nådde popularitet genom att bland annat kampanja mot korruption. Men hans hårda tag mot medier samt det faktum att journalister, aktivister och flera oppositionsföreträdare har gripits har spätt på kritik från både människorättsgrupper och allierade.
– Jag noterar att många betraktar honom som en diktator. Det gick tydligt åt det hållet, konstaterar ambassadör Rylander. Han pekar på Magufulis problematiska syn på demokratifrågor och hans inskränkningar av mänskliga rättigheter.
– Mycket byggde på Magufulis personlighet, han var stark och drivande, säger Rylander som var ambassadör i Tanzania 1998– 2003, och som nära följer utvecklingen i regionen.
"Positiv möjlighet"
Tanzania var "på väg åt rätt håll" säger Rylander, men den negativa vändningen inleddes någon gång 2015.
I fjolårets val fick Magufuli 84 procent av rösterna, enligt det officiella valresultatet. Oppositionen har ifrågasatt segern, och oppositionella har trakasserats, förföljts och hotats enligt människorättsorganisationer.
– Jag tror att detta kan innebära en positiv förändring. Många har varit missnöjda med Magufulis hårdföra styre, men inte vågat säga något, säger Rylander.