De tre männen avrättades tidigt på söndagsmorgonen i provinsen Sistan och Baluchistan i sydöstra Iran.
De terroranklagade männen var dömda för bland annat bombattentat och samröre med Jaish al-Adl, en jihadistgrupp som utfört flera uppmärksammade attentat i Iran de senaste åren.
Människorättsorganisationer kritiserar regelbundet Iran för dess många avrättningar, och FN har särskilt fördömt landets dödsdomar mot personer under 18 år.
Enligt Amnesty International avrättades minst 251 personer i Iran under 2019, den näst högsta siffran i världen efter Kina.