Utsläppet från kraftverket, som ägs av metallverket Norilsk Nickel, vid staden Norilsk har nått den arktiska sjön Pjasino.
Utsläppet är det största hittills i den naturkänsliga regionen, och faran är att bränslet rinner ut i Pjasinafloden som i sin tur mynnar ut i Karahavet, en del av Norra ishavet.
De tre anställda som gripits är chefen för energianläggningen samt två ingenjörer.
Bränsletanken kollapsade den 29 maj. En orsak tros vara tinande permafrost, vilket resulterade i att den struktur som höll uppe bränslecisternen sjönk.
De tre gripna misstänks för att ha brutit mot miljöregler. Tanken som byggdes 1985 hade behövt omfattande reparationer, trots reparationer 2017 och 2018.
Rysslands president Vladimir Putin har lovat att genomföra lagändringar för att hindra att liknande olyckor sker igen, samt krävt att bolaget står för saneringsinsatser som beräknas kosta motsvarande minst 1,3 miljarder kronor.