Uppgifterna framkommer först nu, genom ett brev från justitiedepartementet till The Washington Post, där två av reportrarna fortfarande arbetar och den tredje var anställd när listorna inhämtades, rapporterar tidningen. Justitiedepartementet ska även ha försökte få tillgång till journalisternas e-post.
I brevet från justitiedepartementet anges inget skäl till övervakningen som ska ha ägt rum mellan den 15 april och den 31 juli 2017.
The Washington Posts tillfällige chefredaktör Cameron Barr är upprörd.
"Vi är djupt oroade över att regeringsmakt används på detta sätt för att få tillgång till journalisters kommunikation", säger han i ett uttalande.
"Justitiedepartementet bör omedelbart klargöra sina skäl för detta intrång i reportrarnas arbete, en aktivitet som är skyddad av det första grundlagstillägget."
Det första grundlagstillägget slår bland annat fast den yttrande- och pressfrihet som råder i USA.
Den ansedda medborgarrättsorganisationen ACLU beskriver det inträffade som att justitiedepartementet spionerat på journalister för Trumpstyrets räkning.
"Detta borde aldrig ha hänt. När regeringen spionerar på journalister och deras källor är pressfriheten i fara", skriver ACLU på Twitter.