Marx, som är romersk-katolsk ärkebiskop av München och Freising, skriver i sitt brev till påven att det för honom i grund och botten handlar om att ta medansvar.
De senaste tio årens utredningar har gjort det tydligt för honom att det skett flera personliga misslyckanden och administrativa fel, men också "institutionella eller systematiska misslyckanden".
Känd biskop
Han anser att den senaste tidens diskussioner visar att "vissa inom kyrkan inte vill erkänna institutionens medansvar eller skuld och därför ställer sig över varje dialog kring reform eller förnyelse i samband med övergreppsskandalen".
Kardinalen vill med sitt avhopp visa att det "inte är ämbetet som står i förgrunden utan Evangeliets uppdrag".
Reinhard Marx är en av Tysklands mest kända biskopar och anses stå påven nära. Fram till 2020 ledde han den tyska biskopskonferensen. Hans avskedsansökan har skakat om den katolska kyrkan i landet.
– Jag är skakad. Det är fel person som går, säger Thomas Sternberg, ordförande för de tyska katolikernas centralkommitté, till Rheinische post.
"Beredd att lyssna"
Sternberg påminner också om att Marx skänkt större delen av sin privata förmögenhet till en stiftelse för offren för kyrkans övergrepp.
Mattias Katsch, talesperson för Eckiger Tisch, en förening för drabbade, beskriver Marx som en person "som var beredd att lyssna".
– Marx hade förstått att de som kört ner kärran i skiten inte var rätt personer dra upp den igen, säger han till den katolska nyhetsbyrån KNA.
Marx avskedsansökan skickades den 21 maj, men lades ut på nätet den 4 juni sedan påven sagt att brevet kunde offentliggöras. Påven uppmanar Marx att fortsätta sitt arbete till dess att ett beslut är fattat.