Orsaken som angavs till att polisen stängde Victoriaparken var att människor uppmanar andra i sociala medier till att samlas där trots att det har förbjudits, rapporterar nyhetsbyrån Reuters.
Polisen i Hongkong har meddelat att den kommer att göra "vad som än krävs" för att "bevara den allmänna ordningen och säkerheten".
Den som tar sig in på avspärrat område riskerar upp till tolv månaders fängelse, enligt polisen.
Massakern i Peking den 4 juni 1989, där tusentals människor tros ha dödats eller skadats, brukar uppmärksammas i Hongkong med en stor manifestation på årsdagen. Men liksom i fjol har myndigheterna i år förbjudit minnesceremonier.
Tände ljus
Men inskränkningarna stoppade inte Hongkongborna från att uppmärksamma årsdagen, om än i mindre skala. Sprejmålade budskap på gatorna och tända ljus i flera av stadens distrikt vittnar om ett tyst motstånd.
– Jag är inte här för att delta i en sammankomst, jag väntar bara på någon, säger en man med ett uttryckslöst ansikte, hållandes ett ljus i shoppingområdet Mong Kok, till nyhetsbyrån AFP.
En äldre kvinna som delade ut ljus på platsen var inte lika hemlighetsfull om vad hon gjorde.
– Det finns fler än ett sätt att hedra minnet av den 4 juni på. Jag tror inte att de kommer att kunna få folk att glömma det helt och hållet, säger hon.
Mindre oroligheter uppges ha brutit ut i Mong Kok och en person ska ha gripits. Polisen har även stoppat folk från att promenera runt med tända ljus utanför Victoriaparken.
Organisatör gripen
Tidigt på fredagsmorgonen greps Chow Hang-tung, vice ordförande i den organisation som arrangerar den årliga manifestationen, utanför sitt kontor. Chow misstänks för att ha spridit information om en olaglig sammankomst, säger en poliskälla till nyhetsbyrån AFP. Två av hennes kollegor bekräftar gripandet för nyhetsbyrån Reuters.
37-åriga Chow har hittills varit en av få framträdande demokratiaktivister i Hongkong som ännu inte har hamnat bakom lås och bom sedan Fastlandskinas grepp om staden hårdnat och ny säkerhetslag klubbades igenom förra sommaren.
Även en 20-årig man har gripits, anklagad för samma typ av gärning som Chow Hang-tung.
– Deras inlägg på sociala medier bestod av annonsering om och uppmaningar till andra att delta i förbjudna sammankomster, säger polischefen Law Kwok-hoi.
7 000 poliser
Runt 7 000 poliser uppges ha kommenderats ut för att förhindra att folk samlas till manifestationer under fredagen och Hongkongs ledande tv-station RTHK har fått order om att inte rapportera om eventuella minneshögtider.
I Kina är högtidlighållandet av massakern förbjudet, det styrande kommunistpartiet har fortfarande inte erkänt att någon massaker ägde rum.
Trots förbudet i fjol genomfördes ändå minnesceremonier. Tiotusentals människor uppskattas ha deltagit trots att de riskerade fängelsestraff.