44 civila har dödats och flera skadats.
Den "avskyvärda och barbariska" attacken riktades enligt Sorgho mot byarna Kourakou och Tondobi nära gränsen mot Niger.
Guvernören säger också att en militärinsats har genomförts mot de utpekade terroristerna och att ytterligare arbete pågår för att "stabilisera området".
Västafrikanska Burkina Faso är ett av världens fattigaste länder och härjas sedan 2015 av ett uppror lett av militanta extremister med kopplingar till terrorgrupperna IS och al-Qaida.