Massakern genomfördes på kvällen den 4 juni i samband med att en väpnad grupp stormade byn Solhan i de oroliga nordöstra delarna av landet, och öppnade eld mot bybor och brände ned bostadshus.
FN:s barnfond Unicef fördömer rekrytering av barn och ungdomar till väpnade grupper.
"Detta är ett allvarligt brott mot deras grundläggande rättigheter", skriver Unicef i ett uttalande.
Lokala myndighetsrepresentanter i norra Burkina Faso säger att extremistiska islamistgrupper har använt sig av barnsoldater under det senaste året, men att attacken den 4 juni sticker ut.
Attacker från jihadistgrupper med kopplingar till al-Qaida och IS har ökat kraftigt i Sahelregionen i västra Afrika sedan årsskiftet, särskilt i Burkina Faso, Mali och Niger.