"EU uppmanar övergångsmyndigheterna att belysa omständigheterna kring detta mord för att fastställa ansvaret", skriver EEAS i uttalandet.
Burkina Faso har i åratal kämpat mot ett jihadistuppror med kopplingar till terrorrörelserna al-Qaida och IS. Tusentals människor har dödats och över två miljoner har fördrivits inom landet.
Det är oklart vem som utförde attackerna i Zaongo.