Applåder bröt ut i rättssalen när straffen meddelades.
Den vänsterradikale revolutionären Sankara tog efter ett uppror mot landets militärledning makten 1983 och var landets president i fyra år innan han dödades i en militärkupp ledd av hans närmaste man och blivande presidenten Blaise Compaoré.
Under sin tid vid makten bytte Sankara bland annat namn på den före detta franska kolonin, från Övre Volta till Burkina Faso, "De omutliga männens land". Han genomförde flera reformer för att förbättra levnadsvillkoren för landets fattigaste och ses fortfarande som en hjälte av många i Västafrika.
Compaoré behöll makten över Burkina Faso fram till 2014, när våldsamma protester bröt ut till följd av att han försökt ändra författningen för att sitta kvar på presidentposten ännu längre. Först efter hans avgång återupptogs utredningen av mordet på Sankara. Ett år senare utfärdades en internationell arresteringsorder för Compaoré, som nu dömts i sin frånvaro.
Militärdomstolen som dömde Compaoré i huvudstaden Ouagadougou har även meddelat livstidsdomar till expresidentens tidigare säkerhetschef Hyacinthe Kafando och general Gilbert Diendéré, Compaorés stabschef, som ska ha varit inblandade i mordet.