På fredagen meddelade militären i statlig tv att presidenten Paul-Henri Sandaogo Damiba hade avsatts eftersom han misslyckats med att kväva ett jihadistiskt uppror i landet.
Damiba uppgavs då ha ersatts med 34-årige Ibrahim Traore som tidigare varit chef för en antijihadistisk specialstyrka. Enligt uppgifterna skulle landets gränser stängas, regeringen upplösas och grundlagen upphävas.
FN:s generalsekreterare António Guterres "fördömer starkt alla försök att med vapen ta makten och uppmanar alla aktörer att avstå från våld och söka dialog".
Armén avfärdar uppgifterna
Även den västafrikanska ekonomiska samarbetsorganisationen Ecowas har på "starkast möjliga vis" fördömt maktövertagandet. Även EU och USA har uttryck oro och fördömande över händelserna.
Men på lördagskvällen kom uppgifter om att Burkina Fasos armé avfärdar att det skett en kupp i landet.
"Efter en intern kris inom de nationella väpnade styrkorna har ett fåtal enheter tagit kontroll över vissa huvudleder i staden Ouagadougou och krävt att överstelöjtnant Damiba avgår. Dialogen fortgår", uppger militärstaben i ett uttalande.
Lovade säkerhet
När Damiba i januari i en kupp tog makten i Burkina Faso lovade han att prioritera säkerheten och få ett slut på de blodiga jihadistattackerna.
Men attackerna har blivit fler under de senaste månaderna, särskilt i norr och öster där hela städer har kontrollerats av rebeller. Precis som i grannländerna handlar det om rebeller med kopplingar till al-Qaida och IS.
I september, en särskilt blodig månad, sparkade Damiba sin försvarsminister och antog själv rollen.
Sedan 2015 har tusentals dödats och cirka två miljoner människor drivits på flykt.
Mer än 40 procent av Burkina Faso, en före detta fransk koloni, ligger utanför regeringens kontroll.