Terrorgrupperna har tidigare placerat ut dynamit under broar och attackerat hjälpkolonner, med svåra följder för ortsborna.
Men hjälpsändningar kunde till sist anlända oskadda till staden efter tre veckors färd.
– Hundra lastbilar fyllda med mat och grundläggande förnödenheter nådde under militäreskort Djibo i går (tisdag), sade en säkerhetskälla till den franska nyhetsbyrån AFP.
Affärer och marknader kan tack vare det åter hålla öppet. Varorna väntas räcka i några dagar.
Burkina Faso är ett av världens fattigaste länder och härjas sedan 2015 av ett uppror lett av militanta extremister med kopplingar till terrorgrupperna IS och al-Qaida.