Milisgruppen, som finansieras och tränas av myndigheterna för att hålla tillbaka islamistiska upprorsmakare, överfölls i torsdags i Loroum-provinsen.
Omfattande protester har skakat Burkina Faso, då många ifrågasätter hur framgångsrik landets armé är mot jihadister kopplade till terrorrörelserna al-Qaida och IS.