Fordon, bränsle och utrustning har tagits i beslag vid insatserna, uppger armén.
Insatserna följer på en massaker i byn Solhan tidigare i juni, där fler än 130 personer dödats och fler än 7 000 personer flytt sina hem.
Solhan ligger i gränsområdet mellan Burkina Faso, Mali och Niger i Sahel, där ett blodigt jihadistuppror pågått sedan 2015.