Den 40-årige överstelöjtnanten Paul-Henri Sandaogo Damiba tar över sedan militären säkrat makten i förra månaden efter att ha upplöst regering och parlament.
Utnämningen av juntaledaren skedde av landets konstitutionella råd. Damiba kan också sätta statschef och överbefälhavare på sitt nya visitkort. Datum för när han svär presidenteden är inte utsatt.
Militärkuppen inleddes helgen den 22–23 januari efter en tids demonstrationer i missnöje över regeringens hantering av ett blodigt jihadistuppror. Eldstrider uppstod vid militära anläggningar och soldater omringade viktiga byggnader.
Måndagen efter kuppen var den avsuttne presidenten Roch Marc Christian Kaboré försvunnen. Soldater meddelade i tv att makten nu låg i militärens händer.
FN:s säkerhetsråd har uttryckt "allvarlig oro" över det icke-konstitutionella maktskiftet i Burkina Faso.
Militärjuntan kallar sig en "patriotisk rörelse" som ska "beskydda och återupprätta" nationen.