"På tisdagen fick vi en formell notering från landets regering om att ett avtal från 2018 om fransk militär närvaro har sagts upp" meddelade franska utrikesdepartementet.
"Vi respekterar uppgörelsen genom att uppfylla denna önskan" fortsatte UD på onsdagen.
Fransk militär lämnar landet inom en månad, vilket stipuleras i avtalet.
Kravet kom från juntaledaren Ibrahim Traoré som tog makten i en kupp i september 2022.
Tidigare har franska styrkor lämnat Mali efter liknande krav. Mali har vänt sig till den ryska paramilitära gruppen Wagner för att bekämpa islamistisk extremism.
Det finns för närvarande omkring 400 franska soldater i Burkina Faso.