Skotten avfyrades av presidentgardet i närheten av presidentens resident, enligt uppgifter från FN.
FN kallar händelsen en "överlagt och outsäglig" attack på styrkan, som färdades i en FN-märkt buss och vars samtliga medlemmar kom från Egypten.
När bussföraren snabbt försökte komma bort från platsen körde han dessutom på en kvinna som dog, enligt FN som skriver att man besökt den dödas familj och framfört kondoleanser.
De egyptiska soldaterna hade just anlänt till Bangui och var på väg till sin bas när attacken inträffade.
Centralafrikanska republiken har härjats av inbördeskrig och konflikter sedan 2013. Landet är det näst fattigaste i världen, enligt FN.