Vid bakhållet dödades en medföljare till en patient.
Attacken utfördes i torsdags nära staden Batangafo. Läkare utan gränser twittrade om attacken på lördagen.
Ytterligare tre personer skadades vid bakhållet: en kvinna och hennes spädbarn, samt en motorcyklist som ingick i kolonnen. Samtliga vårdas på sjukhus.
Läkare utan gränser meddelar att kolonnen var tydligt markerad med organisationens symboler.
Tidigare i veckan dödades tre av organisationens medarbetare i den konfliktdrabbade regionen Tigray i Etiopien.
Rättad: Dödsoffret inte anställt av Läkare utan gränser.