Henri-Marie Dondra, som tillsattes i juni i fjol, har ersatts av ekonomiminister Felix Moloua, uppger presidentens talesperson.
I januari meddelades att landet i höst för första gången sedan 1988 ska hålla lokalval.
I fjol uppskattade FN att nära hälften av befolkningen har svårt att skaffa mat, bland annat på grund av säkerhetssituationen i landet.
CAR är hårt drabbat av strider mellan rebellgrupper och militären, där soldater från den ljusskygga ryska militärorganisationen Wagner har stridit på militärens sida. Förra veckan uppgav EU att man vill träna upp militären, en hjälp som i december avbröts, men med kravet att CAR då avbryter allt samarbete med Wagner.