Ytterligare 134 människor har skadats.
Under lördagen uppgav Kirgizistan att 24 liv krävts.
Tadzjikistans inrikesdepartement har bekräftat att civila dödats, men inte hur många.
De båda länderna kom under fredagen överens om ett eldupphör, som efter det har brutits. Efter nya strider under lördagen uppger kirgiziska gränsmyndigheter att natten mot söndag dock varit lugn.
Kirgizistans ledare gör allt de kan för att stabilisera situationen med fredliga medel, hävdar myndigheterna.
FN:s generalsekreterare António Guterres uppmanar länderna till dialog.