Den nu pensionerade militären Pedro Barrientos har bott i USA i 34 år, men fråntogs sitt nya medborgarskap sedan det framgått att han ljugit i sin ansökan.
Han dömdes i en amerikansk federal domstol 2016 som ansvarig för Jaras död bara dagar efter militärkuppen den 11 september 1973.
Barrientos var då en 24-årig löjtnant och en av dem som ansvarade för fångarna på Estadio Nacional i Chiles huvudstad Santiago, där sångaren misshandlades, torterades och sköts till döds tillsammans med tusentals andra.
Nu 75-årige Barrientos greps i november och sattes på fredagen på ett reguljärflyg till sitt forna hemland, tio år efter att Chile begärde honom utlämnad. Väl framme flögs han vidare med helikopter till en militäranläggning där demonstranter skanderade "mördare, mördare", vid ankomsten.
Víctor Jara var vänsteraktivist och en av landets mest älskade sångare och poeter. Han greps efter störtandet av landets vänsterpresident Salvador Allende i den CIA-stödda kuppen då diktatorn Augusto Pinochet kom till makten.
Jara greps, torterades och bakbands. Sedan sköts han till döds med 44 skott.
I augusti i år dömdes sju personer till mellan 8 och 25 års fängelse för delaktighet i mordet på Jara. Pedro Barrientos kommer nu att ställas inför rätta för samma mord.
Víctor Jaras änka Joan avled i november, 96 år gammal.