Barnen skrevs ut från sjukhuset på torsdagen och tas nu om hand av ett välfärdsinstitut för familjer i Colombia som kommer att ha ansvar för de fyra syskonen under de sex månader det beräknas ta att utreda deras familjeförhållanden.
– Det har återhämtat sig och mår faktiskt bra, sade institutets föreståndare Astrid Caceres vid en pressträff.
Hon sade att barnen inte visade tecken på att ha fått psykiska skador av de 40 dagar de tillbringade vilse i regnskogen.
De fyra syskonen, tre systrar på tretton, nio och nyligen fyllda ett år samt en bror på fyra år, hittades den 9 juni. Det hade då gått 40 dagar sedan de försvunnit i regnskogen efter en flygplanskrasch den 1 maj då piloten, barnens mamma och ytterligare en vuxen person omkom.
I sökinsatsen som startades för att leta efter barnen deltog runt 160 soldater och ett 70-tal personer från ursprungsbefolkningen med djupa insikter om djungeln. Enligt arméchefen Helder Giraldo tillryggalade räddningsarbetarna totalt över 260 mil.
"I en aldrig tidigare skådad operation i vårt lands historia har något som verkade omöjligt ha åstadkommits", twittrade Giraldo när barnen hittades.