Vulkanen, som ligger i colombianska Anderna och som består av tre kratrar, har haft en tydlig ökad seismisk aktivitet enligt myndigheter. Evakueringen sker då geologiska experter varnar för ett "sannolikt utbrott inom de kommande dagarna eller veckorna".
De aktuella byarna ligger närmare än 15 kilometer från vulkanens största krater.
Fler än 25 000 personer omkom vid Nevado del Ruiz utbrott 1985. Utbrottet var en av landets dödligaste naturkatastrofer i modern tid.