Det är vänstergerillan ELN och tidigare medlemmar i Farcgerillan som strider enligt presidenten, och lokala myndigheter har rapporterat att några samhällen har hamnat i skottlinjen för korseld.
Iván Duque anklagar Venezuelas president Nicolás Maduro för att ge skydd till gerillagrupperna. Han säger vidare att han ska skicka fler styrkor till området och öka antalet övervakningsflygningar.
Juan Carlos Villate, som arbetar för mänskliga rättigheter i kommunen Tame, säger att han har fått rapporter om att uppemot 27 personer dödats i striderna. Dessutom ska 50 personer saknas.
José Miguel Vivanco, Latinamerikachef vid människorättsorganisationen Human Rights Watch, skriver på Twitter att situationen vid gränsen är mycket allvarlig.
Det tros finnas runt 2 500 aktiva stridande ELN-medlemmar och över 5 000 tidigare Farc-medlemmar som strider. Farc avväpnades i och med ett fredsavtal 2016 mellan gerillan och regeringen, och rörelsen omvandlades till ett politiskt parti, men sedan dess har en del av de tidigare medlemmarna samt nya rekryter fortsatt att strida.