På bilder som regeringen har släppt syns 50-årige Otoniel i handklovar vaktas av soldater. Polisen har senare direktsänt bilder från när han landade i huvudstaden Bogotá.
Den massiva gryningsinsatsen ägde rum i djungeln i kommunen Necoclí i Urabáregionen i nordvästra Colombia, i samarbete med USA och Storbritannien, berättar landets polischef Jorge Vargas.
Räden var "den största genomträngingen av djungeln i vår militära historia," säger landets president Iván Duque. Han kallar gripandet för det hårdaste slaget mot landets knarksmugglare på över tjugo år och säger att det markerar slutet på den stora Gulfklanen.
Gripandet kan endast jämföras med den tidigare knarkkungen Pablo Escobars fall, enligt presidenten.
– Vi skickar ett tydligt och kraftfullt budskap till de kriminella: underkasta er rättvisan omedelbart, annars kommer lagens långa arm att nå även er, säger han i ett tal.
500 soldater
Colombia är världens största exportör av kokain och Gulfklanens beväpnade män har terroriserat en stor del av norra Colombia genom sin kontroll över de stora smugglingsrutterna till USA.
Otoniel uppges ha hållit sig gömd i djungeln i Urabáregionen och ska aldrig ha rört sig i närheten av bebodda områden. Han hade ingen telefon och var beroende av kurirer, enligt polisen.
I jakten på Otoniel har både Colombia och USA utlovat belöningar på mångmiljonbelopp till den som ger information som leder till Otoniels gripande.
Till slut var det underrättelseinformation från USA och Storbritannien som ledde fram till en gryningsräd på fredagsmorgonen, uppger myndigheterna. Över 500 soldater från landets specialstyrka samt 22 helikoptrar slog till mot Otoniels gömställe, där han vaktades rigoröst. En polisman ska ha dödats i operationen.
73 ton kokain
Knarkkungen åtalades i sin frånvaro för första gången i USA 2009 och kan komma att utlämnas dit. I senare åtal i USA mot honom anklagas han för att mellan 2003 och 2014 ha importerat 73 ton kokain till USA genom Centralamerika och Mexiko.
Otoniel efterträdde 2012 sin bror som ledare för Gulfklanen, som tidigare hette Úsugaklanen, när denne dödades i en räd. Det mäktiga nätverket finns representerat i över 300 kommuner i Colombia, enligt tankesmedjan Indepaz, och finansieras genom narkotikasmuggling, olaglig gruvdrift och utpressning.
Den colombianska regeringen beskyller Gulfklanen för driva på de landsomfattande våldsamheterna i landet.