EMA "rekommenderar ett godkännande av Paxlovid för behandling av covid-19 för vuxna med förhöjd risk för allvarliga symptom", enligt ett uttalande.
Det är den första tablett myndigheten godkänner för bekämpning av covid-19.
I december godkände EMA att EU:s medlemsstater i nödläge fick använda Paxlovid, men nu följer man alltså bland andra USA, Kanada och Storbritannien, som tidigare godkänt tabletten.
Tabletterna ses som en stor möjlighet att utveckla nya strategier i hanteringen av pandemin, då de möjliggör tidig behandling mot covid-19 utan läkarbesök.
Studier har enligt EMA visat att Paxlovid minskar risken för att läggas in på sjukhus och för att avlida till följd av covid och tros även vara verksam mot omikronvarianten.
Bara 0,8 procent av de drygt tusen personer som gavs Paxlovid i EMA:s studie behövdes läggas in på sjukhus, mot 6,3 procent i kontrollgruppen. Ingen av dem som fick medicinen avled.
"Paxlovid har potential att göra en avgörande skillnad för personer med hög risk för allvarliga symptom", säger EU:s hälsokommissionär Stella Kyriakides i ett uttalande.
EMA har nu på sitt bord att granska och eventuellt godkänna covidtabletten Lagevrio (molnupiravir) som tagits fram av företaget Merck Sharp & Dohme, MSD.
Men ett godkännande betyder inte att tabletten finns redo för alla européer.
Pfizer har för närvarande tabletter för 180 000 behandlingar redo, varav uppemot 70 000 har öronmärkts för USA. Företaget hoppas ha 250 000 behandlingar redo inom kort.