Attacken inträffade utanför universitetssjukhuset samtidigt som polis försökte föra direktören och andra anställda i säkerhet. Sjukhusets ledning uppger att direktören under en kort stund förlorade medvetandet, och att folkmassan slet av vicedirektörens kläder och urinerade på dem båda.
Bakom tisdagens demonstration står en fackförening för vårdanställda, som uppger till lokala medier att dess medlemmar försöker få tillbaka uteblivna löner sedan de stängts av efter att ha vägrat att följa lagen om att vårdanställda måste vaccinera sig.
Guadeloupes prefekt Alexandre Rochatte fördömer attackerna och säger att regeringen kommer att ställa de ansvariga inför rätta.
"Dessa avsiktliga övergrepp är oacceptabla", säger Rochatte i ett uttalande.