Chaves framgång i valet har setts som en skräll. Hans kampanj är under utredning misstänkt för olaga finansiering, och han har även anklagats för sexuella trakasserier från tiden då han jobbade på Världsbanken. Anklagelserna, som kommit från flera kvinnor, har avfärdats av Chaves som "feltolkningar på grund av kulturella skillnader".
Men när 96 procent av rösterna räknats har han segrat med nästan sex procentenheter över motståndaren, centerledaren José María Figueres, som var president mellan 1994 och 1998.
Även valkampanjen för Figueres, vars far i tre omgångar styrt landet, har kantats av kontrovers i samband med att han utretts för mutbrott.
Befolkningens missnöje mot kandidaterna går att utläsa i hur över 42 procent av en röstberättigade befolkningen avstod från att rösta.