Den 49-årige Christodoulides rival i den andra och avgörande valomgången Andreas Mavroyiannis har medgett förlust.
När 99,5 procent av rösterna räknats hade Christodoulides – som var favorittippad inför valet – samlat 52 procent av rösterna och Mavroyiannis 48 procent, enligt officiella siffror.
Mavroyiannis hade profilerat sig som en kandidat för förändring efter ett decenniums styre under den nu avgående presidenten Nicos Anastasiades. Men många väljare avskräcktes sannolikt av att han stöddes av det kommunistiska Akel-partiet.